Das Institut für Labormedizin im AGAPLESION MARKUS KRANKENHAUS  versorgt alle Kliniken und Institute der AGAPLESION FRANKFURTER DIAKONIE KLINIKEN mit jährlich über 1.000.000 Laborleistungen. Darüber hinaus werden auch das Rotkreuz- und das Maingau-Krankenhaus Frankfurt mit Laborleistungen versorgt.

Geführt wird das Laborinstitut  von der KLG Krankenhaus-Labor-Gesellschaft mbH. Geschäftsführer ist Prof. Dr. med. Norbert Scheiermann. Er ist auch Leiter der dort angesiedelten Praxis für Laboratoriumsmedizin. Die KLGmbH und die Praxis besitzen seit dem 20. April 2007 für die durchgeführte medizinische Laboratoriumsdiagnostik die Akkreditierung nach DIN EN ISO 15189:2007 der Deutschen Akkreditierungsstelle GmbH (DAkkS).

Das Laborinstitut gliedert sich in mehrere Teilbereiche:

1. Hämatologie: Blutbild- und Knochenmarkdiagnostik.

2. Hämostaseologie: Diagnostik von Gerinnungsstörungen.

3. Klinische Chemie I: Elektrolyt- und Transaminasenbestimmung

4. Klinische Chemie II: Spezielle Proteinanalysen und Elektrophoresen

5. Blutzucker- und Urinanalytik

6. Serologie: Hormonuntersuchungen, Tumordiagnostik, Autoimmunmarker, Infektionsserologie

7. Immunhämatologie: Blutgruppenbestimmungen, Antikörpersuchtests, Kreuzproben

8. Blutdepot und Eigenblutbank

9. Bakteriologie: Identifizierung von Erregern und Austestung der Antibiotikaempfindlichkeit